L’histoire de la ville des musées commence tôt : en 1661, la ville et l’université de Bâle acquièrent le cabinet Amerbach, posant ainsi les fondements du premier musée public d’Europe. De cette première collection accessible publiquement est né ce qui constitue aujourd’hui cinq musées nationaux : le Kunstmuseum, le Historisches Museum, le Naturhistorisches Museum, le Museum der Kulturen et le Antikenmuseum. Au XXesiècle notamment, d’autres musées seront fondés, auxquels s’ajouteront plus tard de grands établissements privés comme la fondation Beyeler, le Musée Tinguely et le Vitra Design Museum de Weil-am-Rhein.

C’est aussi à cette époque qu’est né Museen Basel. En 1992, le bureau de coordination des musées établit ses premières statistiques générales. En 1996, le site Internet museenbasel.ch est lancé. En 2001 est organisée, conjointement par le tout nouveau service des musées et Museen Basel, la première Nuit des musées. En 2013, le service des musées de Bâle est intégré aux affaires culturelles du département présidentiel du canton de Bâle-Ville. Aujourd’hui, Museen Basel est une plateforme commune des musées bâlois. La coordination et la communication sont supervisées par les affaires culturelles.